在Java中处理GeoJSON数据时，可以采取以下措施来保证数据的安全性：
输入验证：在接收和处理GeoJSON数据之前，应该对数据进行严格的输入验证，确保数据的格式符合规范。可以使用JSON解析库来验证数据的结构和字段，以防止恶意输入。
防止注入攻击：避免将接收到的GeoJSON数据直接拼接到SQL查询语句中，以防止SQL注入攻击。可以使用参数化查询或ORM框架来处理数据库操作，确保数据安全。
跨站脚本攻击（XSS）防护：在展示GeoJSON数据时，应该对数据进行适当的编码或转义，以避免XSS攻击。可以使用HTML转义库或框架来处理数据的展示。
访问控制：确保只有经过授权的用户可以访问和修改GeoJSON数据，可以使用身份验证和授权机制来实现访问控制。
数据加密：对于敏感的GeoJSON数据，可以使用加密技术来保护数据的机密性，确保数据在传输和存储过程中不被窃取或篡改。
通过以上措施，可以有效地保护Java应用程序中处理的GeoJSON数据的安全性，防止数据泄露和攻击。