Java的MessageDigest类本身已经采取了一些措施来防止碰撞攻击。MessageDigest使用加密安全的哈希算法（如SHA-256、SHA-3等）来生成哈希值。这些算法在设计时已经考虑到了碰撞抵抗性，因此可以有效地防止碰撞攻击。
然而，为了确保安全性，你还需要遵循以下几点：
使用最新的加密安全算法：确保你使用的是最新的加密安全哈希算法，如SHA-256或SHA-3。避免使用已经不再安全的算法，如MD5。
保持软件更新：定期更新Java运行时环境（JRE）和应用程序，以确保你使用的是最新的安全补丁和功能。
避免使用自定义的填充方案：MessageDigest类提供了默认的填充方案，不要尝试使用自定义的填充方案，因为这可能会降低哈希函数的安全性。
使用安全的随机数生成器：在创建MessageDigest实例时，可以使用SecureRandom类来生成安全的随机数作为哈希算法的种子。这可以提高哈希函数的随机性，从而降低碰撞攻击的风险。
存储和传输哈希值时注意安全性：确保在存储和传输哈希值时使用安全的方法，以防止潜在的攻击者篡改或窃取哈希值。
总之，虽然MessageDigest类本身已经采取了一些措施来防止碰撞攻击，但在使用过程中仍需注意以上几点，以确保安全性。