MongoDB的底层存储原理是使用一种称为B树（B-Tree）的数据结构来存储数据。B树是一种平衡的多路搜索树，它通过将数据按照顺序存储在磁盘上的块中，以提高数据的访问效率。
具体来说，MongoDB使用了一种称为Mmapv1的存储引擎，该存储引擎将数据以文件的形式存储在磁盘上，并使用B树来组织和管理数据。
在Mmapv1存储引擎中，MongoDB将数据文件划分为多个大小固定的块（默认为2MB），每个块称为一个磁盘页（Disk Page）。每个磁盘页可以存储多个文档，每个文档由一个唯一的标识符（_id）来索引。
在插入新文档时，MongoDB会根据文档的_id值，使用B树来确定文档在磁盘上的位置。如果B树中不存在对应的索引项，则会在B树中插入一个新的索引项，并将文档写入磁盘上的合适位置。同时，MongoDB还会在内存中维护一个缓存，称为页缓存（Page Cache），用于加速数据的读取。
当需要查询数据时，MongoDB会根据查询条件在B树中进行搜索，并找到对应的索引项。然后，MongoDB会通过磁盘读取相应的磁盘页，并将数据加载到内存中进行处理，最后返回查询结果。
总结起来，MongoDB的底层存储原理是使用B树作为索引结构，将数据以磁盘页的形式存储在磁盘上，并通过在内存中维护的页缓存来提高数据的读取效率。