在Ubuntu系统中，管理Node.js依赖的最佳实践是使用npm（Node Package Manager）或yarn。这两个工具可以帮助您轻松地安装、更新和删除项目中的依赖项。以下是使用这两个工具的方法：
使用npm管理依赖：
a. 安装Node.js和npm：在终端中运行以下命令以安装Node.js和npm：
sudo apt update
sudo apt install nodejs npm
b. 初始化项目：在项目根目录中运行以下命令以创建一个package.json文件，该文件将包含项目的元数据和依赖关系。
npm init
c. 安装依赖项：使用npm install命令安装项目所需的依赖项。例如，要安装express，请运行：
npm install express --save
这将安装express并将其添加到package.json文件的依赖项中。
d. 更新依赖项：要更新项目中的依赖项，请运行以下命令：
npm update
e. 删除依赖项：要从项目中删除依赖项，请运行以下命令：
npm uninstall package_name
这将从项目中删除指定的依赖项，并更新package.json文件。
使用yarn管理依赖：
a. 安装Node.js和npm：请按照上述说明安装Node.js和npm。
b. 安装yarn：运行以下命令以全局安装yarn：
npm install -g yarn
c. 初始化项目：与npm相同，运行以下命令以创建一个package.json文件：
yarn init
d. 安装依赖项：使用yarn add命令安装项目所需的依赖项。例如，要安装express，请运行：
yarn add express
这将安装express并将其添加到package.json文件的依赖项中。
e. 更新依赖项：要更新项目中的依赖项，请运行以下命令：
yarn upgrade
f. 删除依赖项：要从项目中删除依赖项，请运行以下命令：
yarn remove package_name
这将从项目中删除指定的依赖项，并更新package.json文件。
总之，使用npm或yarn管理Node.js依赖项可以使您的项目更加易于维护和更新。这两个工具都提供了丰富的功能和命令，可以帮助您更好地管理项目中的依赖关系。