要优化 PHP 应用程序中的数据库性能，可以采取以下措施：
选择合适的数据库引擎：根据应用程序的需求，选择适合的数据库引擎，例如 MySQL 的 InnoDB 或 MyISAM。InnoDB 支持行级锁定，事务处理和更高级别的数据完整性，而 MyISAM 则提供更快的插入和查询速度。
优化数据库结构：合理设计数据库表结构，避免冗余数据，使用外键约束保证数据完整性。将经常一起查询的相关数据存储在同一个表中，以减少 JOIN 操作。
使用索引：为数据库表中的关键列创建索引，以加快查询速度。但请注意，过多的索引可能会影响插入和更新操作的性能。
优化 SQL 查询：避免使用 SELECT *，而是只查询需要的列；减少子查询和临时表的使用；尽量使用 JOIN 而不是子查询；避免在 WHERE 子句中使用函数或计算表达式。
分页查询：对于大量数据的查询，使用分页技术，每次只返回部分数据，以减轻数据库的压力。
缓存技术：使用缓存技术（如 Memcached 或 Redis）来存储经常访问的数据，减少对数据库的访问次数。
数据库连接池：使用数据库连接池来管理数据库连接，避免频繁地创建和关闭连接。
数据库优化工具：使用数据库自带或第三方的优化工具（如 MySQL 的 OPTIMIZE TABLE）来定期优化数据库表。
监控和分析数据库性能：使用数据库自带或第三方的监控工具（如 MySQL 的 Performance Schema）来监控数据库的性能，找出瓶颈并进行优化。
代码层面的优化：在 PHP 代码中，尽量减少不必要的数据库查询，合理使用预编译语句，避免 SQL 注入等安全问题。