在PHP中，文件操作主要涉及到以下几种权限设置：
文件权限（File Permissions）：文件权限是用来控制文件和目录访问的。在Linux和Unix系统中，文件权限分为三类：所有者权限（通常是创建文件的用户）、组权限（文件所属的用户组）和其他用户权限。每种权限可以包括读（r）、写（w）和执行（x）权限。你可以使用chmod()函数来修改文件权限。例如，要给所有用户读写权限，可以使用chmod("666", $filename);。
目录权限（Directory Permissions）：目录权限与文件权限类似，但主要用于控制用户在目录中的访问。目录权限也包括所有者权限、组权限和其他用户权限。每种权限可以包括读（r）、写（w）和执行（x）权限。你可以使用chmod()函数来修改目录权限。例如，要给所有用户读写执行权限，可以使用chmod("777", $directory);。但请注意，给予所有用户高权限可能会导致安全问题，因此要根据实际需求谨慎设置。
文件所有权（File Ownership）：文件所有权是指文件属于哪个用户和用户组。在Linux和Unix系统中，可以使用chown()函数来修改文件的所有者和用户组。例如，要将文件所有权更改为用户"user1"和用户组"group1"，可以使用chown("user1", $filename);。
文件类型（File Type）：在Linux和Unix系统中，可以使用file_type()函数来获取文件的类型。文件类型可以是普通文件、目录、符号链接等。你可以根据文件类型来设置相应的权限。
SELinux（Security-Enhanced Linux）：SELinux是一种安全增强的Linux，它提供了更细粒度的权限控制。在启用了SELinux的系统上，你需要使用semanage和restorecon命令来管理文件和目录的权限。
总之，PHP文件操作中可以设置的权限主要包括文件权限、目录权限、文件所有权、文件类型以及SELinux相关的权限。在实际开发中，要根据项目需求和安全性要求来合理设置这些权限。