安全性问题：使用system()函数会直接执行系统命令，存在安全风险，特别是当传递给system()函数的参数未经过验证或过滤时，可能会导致命令注入漏洞。
可移植性问题：system()函数的行为在不同平台上可能会有所不同，因此在编写跨平台应用程序时需要注意这一点。
性能问题：使用system()函数执行系统命令可能会带来一定的性能开销，因为每次调用都需要创建新的进程。
返回值问题：system()函数返回执行命令的退出状态码，但由于返回值是一个整数，可能无法很好地区分不同的错误情况。
无法获取命令输出：system()函数执行系统命令后，无法直接获取命令的输出结果，这可能会限制程序的功能。
跨平台问题：system()函数在不同操作系统上的行为可能存在差异，需要特别注意处理这些差异性。