在Ubuntu上使用flameshot截图软件时，可以通过设置来自定义颜色。可以在flameshot的设置中找到颜色选项，然后选择自定义颜色。在自定义颜色选项中，可以选择RGB或者HEX颜色码来定义所需的颜色。自定义颜色选项允许用户根据自己的喜好来设置截图时的标注颜色。