在Debian Overlay文件系统中，管理用户权限可以通过以下几种方法实现：
使用chown和chgrp命令更改文件和目录的所有者和组：
例如，要将文件所有者更改为user1，组更改为group1，可以使用以下命令：
sudo chown user1:group1 filename
使用chmod命令更改文件和目录的权限：
例如，要为所有用户设置读、写和执行权限，可以使用以下命令：
sudo chmod 777 filename
使用umask命令设置默认文件权限掩码：
umask命令用于设置创建新文件和目录时的默认权限。例如，要将默认权限设置为644（文件）和755（目录），可以在/etc/profile或~/.bashrc文件中添加以下行：
umask 022
使用访问控制列表（ACL）：
ACL允许您为特定用户和组设置更详细的权限。要使用ACL，首先需要安装acl包：
sudo apt-get install acl
然后，使用setfacl和getfacl命令设置和查看ACL。例如，要为用户user1设置文件的读写权限，可以使用以下命令：
sudo setfacl -m u:user1:rw filename
要查看文件或目录的ACL设置，可以使用以下命令：
getfacl filename
使用sudo命令为用户分配特定命令的root权限：
编辑/etc/sudoers文件（使用visudo命令），为用户分配特定命令的root权限。例如，要允许用户user1执行/usr/bin/apt-get update和/usr/bin/apt-get upgrade命令，可以添加以下行：
user1 ALL=(root) NOPASSWD: /usr/bin/apt-get update, /usr/bin/apt-get upgrade
通过以上方法，您可以在Debian Overlay文件系统中管理用户权限。请注意，根据您的需求和场景选择合适的方法。