在Java中操作XML文件的最佳方式是使用DOM（Document Object Model）或者SAX（Simple API for XML）解析器。DOM解析器会将整个XML文件加载到内存中，以树状结构表示XML文档，可以方便地对XML文档进行增删改查操作。而SAX解析器则是一种事件驱动的解析器，通过事件回调机制逐行读取XML文件，可以有效地减少内存占用。
另外，还可以使用JAXB（Java Architecture for XML Binding）来实现Java对象与XML文档之间的相互转换。通过定义XML Schema或者使用注解，可以将Java对象序列化成XML文档，或者将XML文档反序列化成Java对象，简化了XML操作的复杂性。
总的来说，选择哪种方式取决于具体的需求和场景，DOM适用于对XML文档进行复杂的操作，SAX适用于处理大型XML文件，而JAXB适用于实现Java对象与XML文档的相互转换。