在Debian系统中，可以通过设置文件和目录的权限来实现对PHP程序的权限控制。一般来说，建议使用以下方法来实现权限控制：
- 使用chown命令更改文件和目录的所有者和所属组：可以使用chown命令将文件和目录的所有者和所属组更改为需要访问该文件或目录的用户或组。例如，可以使用以下命令将文件的所有者更改为www-data用户，并将所属组更改为www-data组：
sudo chown www-data:www-data /path/to/file
- 使用chmod命令设置文件和目录的权限：可以使用chmod命令设置文件和目录的权限，以控制对其的访问权限。例如，可以使用以下命令将文件的权限设置为755（所有者具有读、写、执行权限，其他用户具有读、执行权限）：
sudo chmod 755 /path/to/file
- 配置PHP程序中的权限控制逻辑：在PHP程序中，可以通过编写代码来实现更细粒度的权限控制逻辑。例如，可以在程序中检查用户的身份和权限，以确定是否允许其访问某个页面或执行某个操作。
总的来说，通过设置文件和目录的所有者、所属组和权限，以及在PHP程序中实现相应的权限控制逻辑，可以有效地实现对PHP程序的权限控制。