在MongoDB中，垃圾碎片是指数据文件中已经被删除的文档所占用的空间，这些空间无法被再次利用，会导致数据文件的膨胀和性能下降。清理垃圾碎片可以通过以下几种方式来实现：
数据重建：将数据从一个集合复制到一个新的集合中，这样可以消除碎片并重新组织数据。
压缩数据文件：使用mongo shell的compact命令对数据库进行压缩，该命令会将数据文件中的碎片整理并释放未使用的空间。
迁移数据：将数据导出到另一个MongoDB实例中，然后再导入回来，这个过程中会创建新的数据文件，从而清理碎片。
重启MongoDB：重启MongoDB实例时，MongoDB会自动进行碎片整理和空间回收，这也是清理垃圾碎片的一种方式。
需要注意的是，在进行数据重建、压缩数据文件或迁移数据之前，最好先备份数据，以防止数据丢失。另外，清理垃圾碎片可能会对系统性能产生一定的影响，因此在生产环境中需要谨慎操作。