PHP Todo应用的最佳实践包括以下几点：
使用MVC架构：将应用分为模型（Model）、视图（View）和控制器（Controller）三个部分，使代码逻辑清晰，易于维护和扩展。
数据库设计：设计合适的数据库结构来存储任务信息，例如使用任务表（tasks）存储任务数据，用户表（users）存储用户信息等。
表单验证：在添加、编辑任务等操作时，进行表单验证，确保输入数据的合法性和安全性。
使用PDO或ORM：使用PDO（PHP Data Objects）或ORM（对象关系映射）等技术，以防止SQL注入攻击，并简化数据库操作。
安全性考虑：对用户输入进行数据过滤和验证，防止跨站脚本攻击（XSS）和跨站请求伪造攻击（CSRF）等安全问题。
页面美化：使用CSS和JavaScript等前端技术，美化页面样式，提升用户体验。
代码规范：遵循PHP编码规范，编写清晰、可读性高的代码，并注释重要的代码部分。
测试与调试：在开发过程中进行测试，发现和修复潜在的bug，并使用调试工具对程序进行调试。
部署和优化：在部署时进行性能优化，如启用缓存、压缩静态文件等，提升应用性能和响应速度。