在MySQL查询外键时，可能会遇到以下问题：
错误的外键关系：如果外键关系没有正确建立，可能会导致查询的结果不准确或者无法获取到相关数据。
外键约束导致无法删除或更新数据：如果外键约束被设置为RESTRICT或CASCADE，可能会导致无法删除或更新数据，需要先处理相关外键约束才能进行操作。
查询性能问题：如果外键关系设计不当或者没有正确建立索引，可能会导致查询性能下降，需要进行优化。
外键约束违反：在查询数据时，如果外键约束被违反，可能会导致查询失败或者返回错误的结果，需要检查外键约束是否正确。
外键关系不清晰：如果外键关系设计不清晰或者不符合业务逻辑，可能会导致查询结果不符合预期，需要进行调整和优化。