如果您将PHP文件上传到GitHub后发现不生效，可能有以下几种原因：
检查文件路径：确保您的PHP文件位于正确的文件夹中，并且GitHub上的文件路径与本地文件路径一致。
检查文件名：确保您的PHP文件的文件名正确，并且没有任何拼写错误或特殊字符。
检查文件权限：确保您的PHP文件有适当的权限设置，使其可以被执行。
检查PHP版本：GitHub Pages默认使用Jekyll静态网站生成器，不支持PHP执行。如果您想在GitHub上运行PHP文件，可以使用其他云服务器托管，如Heroku等。
如果您已经检查了以上几点仍然无法解决问题，建议您检查GitHub页面上的控制台或日志信息，查看是否有任何错误消息或警告，以帮助排除问题。如果问题仍然存在，请尝试重新上传文件或重新部署网站。