在Java中，使用File类来代表文件或目录，可以通过setExecutable(), setReadable()和setWritable()方法来设置文件的权限。这些方法实际上是调用了底层操作系统提供的chmod命令来设置文件的权限。
chmod命令用于改变文件或目录的权限，包括读、写、执行权限等。在Linux和Unix系统中，权限被分为三个部分：文件所有者、文件所有者所在的用户组和其他用户。文件的权限被分为读、写和执行权限，用数字表示，分别对应4、2和1。例如，读写权限为6、只读权限为4。
在Java中，通过File类的setExecutable(), setReadable()和setWritable()方法可以设置文件的权限，但是只能设置当前Java程序运行的用户对文件的权限。如果要设置其他用户或用户组的权限，需要使用Files类的setPosixFilePermissions()方法，并传入对应的权限集合。
总之，Java中的chmod方法与文件的所有者之间的关系是，通过Java程序可以设置当前用户对文件的权限，但对于其他用户或用户组的权限控制需要通过其他方式实现。