使用MySQL JDBC连接池的最佳实践包括以下几点：
选择合适的连接池实现：根据项目需求和性能要求选择合适的连接池实现，如HikariCP、Apache DBCP、C3P0等。
合理配置连接池参数：根据应用需求和数据库性能，合理配置连接池的参数，如最大连接数、最小连接数、连接超时时间、空闲连接超时时间等。
使用连接池管理连接：避免频繁创建和关闭连接，尽量使用连接池管理连接，以提高性能和资源利用率。
使用try-with-resources语句：在使用连接池中的连接时，尽量使用try-with-resources语句，确保连接在使用完毕后能够正确关闭。
异常处理：在获取连接、使用连接和释放连接的过程中，要正确处理可能出现的异常，避免资源泄漏。
监控和调优：定期监控连接池的运行状态，如连接数、连接创建时间、连接使用时间等，根据实际情况调整连接池参数，以达到最佳性能。
考虑使用连接池提供的事务管理功能：如果需要使用事务，可以考虑使用连接池提供的事务管理功能，以确保事务的正确性和一致性。
遵循最佳实践：遵循Java编程的最佳实践，如使用PreparedStatement代替Statement，避免SQL注入等安全问题。
考虑使用缓存：如果应用需要频繁访问相同的数据，可以考虑使用连接池提供的缓存功能，以提高性能。
文档和注释：编写清晰的文档和注释，以便于其他开发者理解和维护代码。