在Debian系统上，FileZilla支持以下文件传输协议：
- FTP（文件传输协议）：用于在计算机与计算机之间传输文件，是最基本的文件传输协议，适用于普通的文件传输场景。
- FTPS（FTP over SSL/TLS）：在传统的FTP协议上增加了SSL/TLS加密，以提供更安全的文件传输。
- SFTP（SSH文件传输协议）：基于SSH协议的文件传输协议，提供更高的安全性，适用于对安全性要求较高的环境。
以上信息表明，在Debian系统下，FileZilla提供了对FTP、FTPS和SFTP协议的支持，确保了用户可以根据自己的需求选择最合适的协议进行文件传输。。