要确保PHP文件的安全性，可以采取以下措施：
文件权限设置：确保PHP文件和相关资源文件的权限设置正确。通常情况下，文件权限应设置为644（可读和可写权限分别分配给文件所有者，只读权限分配给其他用户），目录权限应设置为755（可读、可写和执行权限分别分配给目录所有者，可读和可执行权限分配给其他用户）。
避免使用.htaccess文件：尽量不要在PHP文件所在目录中使用.htaccess文件，因为它可能会被攻击者用来篡改文件内容或执行恶意代码。
验证用户输入：始终对用户提交的数据进行验证和过滤，以防止SQL注入、跨站脚本（XSS）等攻击。可以使用预处理语句（如PDO或MySQLi扩展）来安全地与数据库交互。
使用安全的编码：确保使用安全的字符编码（如UTF-8），以避免乱码问题和潜在的XSS攻击。
禁用危险函数：通过disable_functions配置选项禁用潜在危险的PHP函数，如eval()、exec()、system()等。
使用内容安全策略（CSP）：通过设置Content-Security-Policy HTTP响应头，可以限制浏览器加载和执行外部资源，从而降低XSS和CSRF攻击的风险。
更新软件：定期更新PHP、Web服务器和其他相关软件，以确保已应用最新的安全补丁。
使用安全连接：使用HTTPS协议来加密客户端和服务器之间的通信，以防止数据泄露和中间人攻击。
限制文件访问：通过检查$_SERVER['PHP_SELF']和$_SERVER['SCRIPT_NAME']变量，确保用户只能访问他们被授权访问的PHP文件。
日志记录和监控：记录和监控服务器上的异常活动和错误，以便在出现安全问题时迅速发现并采取相应措施。