Eclipse清除缓存的方法有以下几种：
清除工作区的元数据：选择菜单栏的"File" -> “Refresh”，或者使用快捷键"F5"，可以刷新并清除工作区的元数据缓存。
清除项目的构建缓存：选择菜单栏的"Project" -> “Clean”，或者右键点击项目，选择"Clean"，可以清除项目的构建缓存。
清除插件缓存：选择菜单栏的"Window" -> “Preferences”，在弹出的窗口中选择"General" -> “Appearance” -> “Colors and Fonts”，然后点击"Restore Defaults"，可以清除插件缓存。
手动删除Eclipse的配置文件：关闭Eclipse，然后在Eclipse的安装目录下找到.configuration文件夹，将其删除，然后重新启动Eclipse，可以清除Eclipse的配置缓存。
需要注意的是，清除缓存可能会导致一些配置信息的丢失，所以在清除缓存之前最好备份相关的配置信息。