在PHP中，存储数据和操作文件系统是两个不同的概念。选择使用哪种方式取决于你的需求和项目类型。
- 存储数据（Storage）：
存储数据通常指的是将数据保存在服务器上，以便在需要时可以轻松地检索和修改。在PHP中，有多种存储数据的方法，如：
- 数据库：如MySQL、PostgreSQL等，用于存储结构化数据。
- 缓存：如Redis、Memcached等，用于存储非结构化数据和提高性能。
- 文件系统：将数据保存为文件，如JSON、XML、CSV等格式。
- 文件系统（File System）：
文件系统是操作系统管理文件和目录的一种方式。在PHP中，你可以使用文件系统函数来创建、读取、修改和删除文件。这对于处理配置文件、日志文件、上传的文件等非常有用。
选择存储数据还是文件系统取决于你的需求：
- 如果你需要存储结构化数据并执行复杂的查询，那么使用数据库是更好的选择。
- 如果你需要存储大量非结构化数据或者需要快速访问数据，那么使用缓存是更好的选择。
- 如果你需要处理文件（如图片、文档等），那么使用文件系统是更好的选择。
总之，根据你的项目需求和数据类型来选择合适的存储方式。在实际应用中，你可能需要同时使用存储数据和文件系统来满足不同的需求。