怎么使用R语言的clusterProfiler对葡萄做GO富集

发布时间:2021-11-22 15:59:01 作者:iii
来源:亿速云 阅读:258

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 基本流程是
怎么使用R语言的clusterProfiler对葡萄做GO富集  
image.png
library(ballgown)
library(genefilter)
library(dplyr)

pheno_data<-read.csv("pheno_data.txt",header=T)
grape_expr <- ballgown(dataDir = "ballgown",
                    samplePattern = "L0",
                    pData = pheno_data)
 
怎么使用R语言的clusterProfiler对葡萄做GO富集  
image.png
怎么使用R语言的clusterProfiler对葡萄做GO富集  
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这一步可以拿到gene_id还有gene_name ,FPKM的表达量,cov对用的应该是reads count吧。

接下来是差异表达分析

代码是

grape_expr_filter<-subset(grape_expr,
                          "rowVars(texpr(grape_expr))>1",
                          genomesubset=T)
results_genes <- stattest(grape_expr_filter,
                          feature = "gene",
                          covariate = "time_point",
                          getFC = TRUE,
                          meas = "FPKM")
#results_genes <- arrange(results_genes,pval)
results_genes%>%
  filter(abs(fc)>=2&pval<0.05) -> results_genes_diff

dim(results_genes_diff)
head(results_genes_diff)
 

现在有了基因id

怎么使用R语言的clusterProfiler对葡萄做GO富集  
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接下来是使用clusterProfiler做go注释

这里参考 https://guangchuangyu.github.io/cn/2017/07/clusterprofiler-maize/#disqus_thread

首先把这个基因id对应着转换成 ENTREZID ,这里需要借助对应的gtf注释文件

这里只关注蛋白编码基因

grep 'gene_biotype "protein_coding"' 12X_genomic.gtf > 12X_protein_coding.gtf
#python
from gtfparse import read_gtf
known_proteincoding = read_gtf("12X_protein_coding.gtf")
known_proteincoding.to_csv("all_protein_coding.csv")
 

GO富集分析的R语言代码

require(AnnotationHub)
hub<-AnnotationHub() #这一步对网路有要求
# aa<-query(hub,'zea')
# aa$title
# query(hub,'Malus domestica')
bb<-query(hub,"Vitis vinifera")
#bb$title
grape<-hub[['AH85815']]
# length(keys(grape))
# columns(grape)
protein_coding_all<-read.csv("all_protein_coding.csv",header=T)
df<-merge(results_genes_diff,grape_expr_filter@expr$trans,by.x="id",by.y="gene_id")
df1<-merge(df,protein_coding_all,by.x="gene_name",by.y="gene_id")
dim(df1)
gene_ids<- 
  df1$db_xref[!duplicated(df1$db_xref)]
gene_ids<-stringr::str_replace(gene_ids,"GeneID:","")


library(clusterProfiler)
bitr(keys(grape)[2],'ENTREZID',c("REFSEQ","GO",
                                 "ONTOLOGY","GENENAME",
                                 "SYMBOL"),grape)
res = enrichGO(gene_ids, 
               OrgDb=grape, pvalueCutoff=0.05, qvalueCutoff=0.05)
help(package="clusterProfiler")
dotplot(res)
 

最后的结果是

怎么使用R语言的clusterProfiler对葡萄做GO富集 

到此,相信大家对“怎么使用R语言的clusterProfiler对葡萄做GO富集”有了更深的了解,不妨来实际操作一番吧!这里是亿速云网站,更多相关内容可以进入相关频道进行查询,关注我们,继续学习!

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