pheatmap()函数画热图如何调整字体为Times New Roman

发布时间：2021-12-20 10:44:20 作者：柒染
来源：亿速云阅读：1926

# pheatmap()函数画热图如何调整字体为Times New Roman

## 引言

在生物信息学和数据可视化领域，热图（Heatmap）是一种常用的数据展示方式。R语言中的`pheatmap`包因其高度可定制性而广受欢迎。然而，默认设置下的字体可能不符合学术出版要求（如Times New Roman字体）。本文将详细介绍如何通过代码调整实现这一需求。

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## 1. 准备工作

### 安装与加载包
```r
if (!require("pheatmap")) install.packages("pheatmap")
if (!require("extrafont")) install.packages("extrafont")
library(pheatmap)
library(extrafont)

导入Times New Roman字体

# 首次使用需加载系统字体（Windows示例）
font_import(pattern = "times", prompt = FALSE)
loadfonts(device = "win")  # Windows系统
# Linux/Mac需替换为对应设备名，如quartz或pdf

2. 基础热图绘制

示例数据生成

set.seed(123)
data <- matrix(rnorm(100), nrow=10)
rownames(data) <- paste("Gene", 1:10)
colnames(data) <- paste("Sample", 1:10)

默认热图

pheatmap(data)

此时字体为R默认字体（通常为Arial或Helvetica）。

3. 字体调整方法

方法一：通过`fontfamily`参数直接指定

pheatmap(data, 
         fontfamily = "Times New Roman",
         fontsize_row = 12,
         fontsize_col = 12)

注意：此方法可能在某些系统上失效，需配合extrafont包使用。

方法二：使用`grid`包全局设置

library(grid)
grid.gedit("GRID.text", gp = gpar(fontfamily = "Times New Roman"))

pheatmap(data)

方法三：输出PDF后修改（推荐）

pdf("heatmap.pdf", family = "Times New Roman")
pheatmap(data)
dev.off()

此方法兼容性最佳，适合论文投稿。

4. 高级定制示例

调整行列标签字体

pheatmap(data,
         fontfamily_row = "Times New Roman",
         fontfamily_col = "Times New Roman",
         fontsize_row = 14,
         fontsize_col = 14)

图例字体调整

pheatmap(data,
         fontfamily = "Times New Roman",
         legend_labels = c("Low", "High"),
         legend_breaks = c(-2, 2))

5. 常见问题解决

问题1：字体不生效

解决方案：检查系统是否安装Times New Roman字体
```
fonts()[grep("Times", fonts())]
```

问题2：PDF输出乱码

解决方案：指定Unicode编码


pdf("heatmap.pdf", family = "Times New Roman", encoding = "ISOLatin1")

问题3：Mac/Linux兼容性

解决方案：使用PostScript输出


postscript("heatmap.ps", family = "Times")
pheatmap(data)
dev.off()

6. 完整代码示例

library(pheatmap)
library(extrafont)

# 数据准备
data <- matrix(rnorm(100), nrow=10)
rownames(data) <- paste("Gene", 1:10)

# PDF输出
pdf("final_heatmap.pdf", width=8, height=6, family="Times New Roman")
pheatmap(data,
         color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick"))(100),
         fontsize_row = 12,
         fontsize_col = 12,
         main = "Expression Heatmap")
dev.off()

结语

通过上述方法，用户可以轻松将pheatmap的字体调整为符合学术规范的Times New Roman。推荐优先使用PDF输出方案，并在最终提交前用Adobe Reader验证字体嵌入情况（文件属性→字体标签）。

提示：期刊投稿时建议同时提供代码和PDF文件以确保可复现性。 “`

（注：实际字数约850字，此处为简化示例。完整版可扩展故障排查和可视化优化等内容。）