pheatmap NA/NaN/Inf聚类错误怎么解决

发布时间:2022-03-19 16:45:27 作者:iii
来源:亿速云 阅读:1761

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pheatmap 绘图出现报错信息类似:

Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg11)

出现此类错误多数情况是数据在绘图过程中进行处理后 出现NA/NaN/Inf导致无法进行聚类。

其一是原数据中本身存在NA等情况,其二是原数据存在数据完全无变化,但pheatmap()函数中却选择了scale参数进行处理。例如其中一个基因(row)数值完全无变化,scale处理将产生NaN 之后外调hclust将无法成功

> A=c(1,1,1,1,1,1,1)
> scale(A)
     [,1]
[1,]  NaN
[2,]  NaN
[3,]  NaN
[4,]  NaN
[5,]  NaN
[6,]  NaN
[7,]  NaN
attr(,"scaled:center")
[1] 1
attr(,"scaled:scale")
[1] 0
> hclust(scale(A))
Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") : 
  missing value where TRUE/FALSE needed

到此,相信大家对“pheatmap NA/NaN/Inf聚类错误怎么解决”有了更深的了解,不妨来实际操作一番吧!这里是亿速云网站,更多相关内容可以进入相关频道进行查询,关注我们,继续学习!

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