barrnap是如何预测基因组上的核糖体RNA

发布时间:2022-01-18 11:26:06 作者:柒染
来源:亿速云 阅读:313

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RNAmmer这款rRNA预测软件只有大学和科研机构的用户可以免费使用。本着开源的精神,有个科研团队开发了barrnap这款软件,完全开源免费,github链接如下

https://github.com/tseemann/barrnap

该软件支持以下类型的rRNA的预测

  1. bacteria (5S,23S,16S),

  2. archaea (5S,5.8S,23S,16S),

  3. metazoan mitochondria (12S,16S)

  4. eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S)


和RNAmmer相比,除了基础的细菌,古菌,真核生物外,新增了线粒体生的rRNA预测。

该软件采用perl语言开发,依赖nhmmer和bedtools,安装过程如下

git clone https://github.com/tseemann/barrnap

通过git将源代码下载到本地即可,在bin目录下,就是可执行程序。需要注意的是,要确保nhmmer和bedtools这两个软件已经安装,并且将对应的路径添加到PATH环境变量中。

软件的基本用法如下

barrnap --kingdom bac  --threads 8 --quiet small.fna  > rRNA.gff3

--kingdom参数指定物种类型,bac代表细菌,arc代表古菌,euk代表真核生物,mito代表后生动物线粒体;--threads指定并行的线程数。

预测结果以GFF3格式保存,示例如下

barrnap是如何预测基因组上的核糖体RNA

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