环状RNA数据库circBase怎么理解

引言

环状RNA（circular RNA，circRNA）是一类特殊的非编码RNA分子，其结构呈闭合环状，没有5’端和3’端。近年来，随着高通量测序技术的发展，circRNA的研究逐渐成为分子生物学领域的热点。circBase是一个专门收录和注释circRNA的数据库，为研究人员提供了丰富的资源和工具，帮助他们更好地理解和研究circRNA的功能和机制。本文将详细介绍circBase数据库的结构、功能和使用方法，帮助读者更好地理解这一重要资源。

circBase数据库概述

1. 数据库背景

circBase数据库由德国柏林自由大学的Sebastian Memczak等人于2014年创建，旨在为研究人员提供一个集中、全面的circRNA信息平台。该数据库整合了来自多个物种的circRNA数据，包括人类、小鼠、大鼠、果蝇等，涵盖了大量的实验数据和预测结果。

2. 数据库内容

circBase数据库主要包含以下几个方面的内容：

• circRNA序列信息：收录了来自不同物种的circRNA序列，包括基因组位置、外显子结构、剪接位点等信息。
• circRNA表达谱：提供了circRNA在不同组织、细胞类型和条件下的表达水平数据。
• circRNA功能注释：对circRNA的潜在功能进行了注释，包括与miRNA的相互作用、蛋白质结合位点等。
• circRNA相关文献：收录了与circRNA相关的研究文献，方便用户查阅最新的研究进展。

circBase数据库的功能

1. 数据检索

circBase数据库提供了多种数据检索方式，用户可以通过circRNA ID、基因名称、基因组位置等信息进行检索。此外，数据库还支持批量检索，用户可以一次性查询多个circRNA的信息。

2. 数据可视化

circBase数据库提供了丰富的数据可视化工具，用户可以通过基因组浏览器查看circRNA的基因组位置、外显子结构等信息。此外，数据库还提供了circRNA表达谱的热图、散点图等可视化工具，帮助用户更直观地分析数据。

3. 数据下载

circBase数据库允许用户下载circRNA的序列信息、表达谱数据、功能注释等，方便用户进行进一步的分析和研究。

4. 数据提交

circBase数据库鼓励研究人员提交新的circRNA数据，以丰富数据库的内容。用户可以通过数据库提供的在线提交工具，上传自己的circRNA数据，经过审核后，数据将被收录到数据库中。

circBase数据库的使用方法

1. 访问数据库

用户可以通过访问circBase数据库的官方网站（http://www.circbase.org/）来使用数据库。网站提供了详细的使用指南和帮助文档，用户可以根据自己的需求选择合适的工具和功能。

2. 数据检索

用户可以通过circRNA ID、基因名称、基因组位置等信息进行检索。例如，用户可以在搜索框中输入“hsa_circ_0000001”，点击搜索按钮，即可获取该circRNA的详细信息。

3. 数据可视化

用户可以通过基因组浏览器查看circRNA的基因组位置、外显子结构等信息。例如，用户可以在基因组浏览器中输入“chr1:1000000-2000000”，即可查看该区域的circRNA信息。

4. 数据下载

用户可以通过数据库提供的下载工具，下载circRNA的序列信息、表达谱数据、功能注释等。例如，用户可以在下载页面选择“Human circRNA sequences”，点击下载按钮，即可下载人类circRNA的序列信息。

5. 数据提交

用户可以通过数据库提供的在线提交工具，上传自己的circRNA数据。例如，用户可以在提交页面填写circRNA的序列信息、表达谱数据、功能注释等，点击提交按钮，即可将数据上传到数据库中。

circBase数据库的应用

1. circRNA的功能研究

circBase数据库为研究人员提供了丰富的circRNA信息，帮助他们更好地理解circRNA的功能和机制。例如，研究人员可以通过数据库检索circRNA的序列信息，分析其与miRNA的相互作用，探讨其在基因调控中的作用。

2. circRNA的表达谱分析

circBase数据库提供了circRNA在不同组织、细胞类型和条件下的表达水平数据，帮助研究人员分析circRNA的表达谱。例如，研究人员可以通过数据库检索circRNA在不同癌症组织中的表达水平，探讨其在癌症发生和发展中的作用。

3. circRNA的生物标志物研究

circBase数据库为研究人员提供了丰富的circRNA信息，帮助他们筛选潜在的生物标志物。例如，研究人员可以通过数据库检索circRNA在不同疾病中的表达水平，筛选出具有潜在诊断价值的circRNA。

结论

circBase数据库是一个重要的circRNA信息平台，为研究人员提供了丰富的资源和工具，帮助他们更好地理解和研究circRNA的功能和机制。通过circBase数据库，研究人员可以方便地检索、分析和下载circRNA信息，进行circRNA的功能研究、表达谱分析和生物标志物研究。随着circRNA研究的不断深入，circBase数据库将继续发挥重要作用，推动circRNA研究的发展。

参考文献

1. Memczak, S., Jens, M., Elefsinioti, A., et al. (2013). Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency. Nature, 495(7441), 333-338.
2. Glazar, P., Papavasileiou, P., & Rajewsky, N. (2014). circBase: a database for circular RNAs. RNA, 20(11), 1666-1670.
3. Salzman, J., Chen, R. E., Olsen, M. N., et al. (2013). Cell-type specific features of circular RNA expression. PLoS Genetics, 9(9), e1003777.