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本篇文章为大家展示了怎么使用IRESfinder分析环状RNA的蛋白编码潜能，内容简明扼要并且容易理解，绝对能使你眼前一亮，通过这篇文章的详细介绍希望你能有所收获。
真核生物mRNA的5’ 帽子结构可以介导核糖体的结合，从而开启翻译过程，circRNA由于是一个闭合的环状结构，缺失了5’端帽子结构，所以归类为非编码RNA的一种。
随着环状RNA研究的深入，有科学家发现部分环状RNA可以编码蛋白。除了常见的5’帽子结构介导核糖体结合外，还存在了一种特殊情况，在一些基因上存在一段长度在150-250bp的序列，这些序列能够折叠成类似tRNA的结构，介导核糖体与RNA结合，起始蛋白质的翻译。这样的位点称之为内部核糖体进入位点序列,Internal ribosome entry site, 简称IRES。
能够编码蛋白的环状RNA上就是通过IRES来实现翻译过程的，为例研究环状RNA的蛋白编码潜能，有学者开发了识别IRES的软件，IRESfinder就是这样一款软件，用于识别真核生物的IRES位点。
利用实验验证过的583个人类的IRES序列，挑选了19个kmer用于区分IRES和非IRES的序列，在论文中，给出了测试数据集中二种序列的kmer分布
在上图中，只包含了18个kmer,另外还有一个kmer是T，可以看到在IRES和非IRES序列之间，这些kmer的频率分布是有差异的。
软件采用Python进行开发，基本用法如下
python IRESfinder.py -f circRNA.fa -o IRES.out.xls
-f参数指定输入的fasta格式的序列，-o参数指定输出的结果文件。输出文件的内容示意如下
ID Index Score hsa_circ_0018046 IRES 0.817344005 hsa_circ_0039868 IRES 0.795083668 hsa_circ_0089160 IRES 0.53322605 hsa_circ_0048972 IRES 0.784080068 hsa_circ_0018658 IRES 0.745230164 hsa_circ_0067857 IRES 0.704497116 hsa_circ_0019137 IRES 0.742607966 hsa_circ_0063162 IRES 0.738372532 hsa_circ_0087609 IRES 0.793042932 hsa_circ_0006254 IRES 0.64587644
通过这个软件，可以快速分析得到RNA上的IRES序列信息，不过软件的结果中假阳性肯定是很高的，后续还要通过实验手段来验证。
上述内容就是怎么使用IRESfinder分析环状RNA的蛋白编码潜能，你们学到知识或技能了吗？如果还想学到更多技能或者丰富自己的知识储备，欢迎关注亿速云行业资讯频道。
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