ceRNA数据库的简单介绍

1. 引言

竞争性内源RNA（competing endogenous RNA, ceRNA）是一类通过共享微小RNA（miRNA）结合位点来调控基因表达的RNA分子。ceRNA假说提出，mRNA、长链非编码RNA（lncRNA）、环状RNA（circRNA）等RNA分子可以通过竞争性结合miRNA来调控彼此的表达水平。近年来，随着高通量测序技术的发展，越来越多的ceRNA相互作用被发现，ceRNA网络在疾病发生发展中的作用也日益受到关注。为了更好地研究ceRNA的调控机制，多个ceRNA数据库应运而生。本文将简要介绍几个常用的ceRNA数据库。

2. 常用ceRNA数据库

2.1 starBase

starBase（http://starbase.sysu.edu.cn/）是一个综合性的RNA相互作用数据库，由中山大学开发。它整合了来自CLIP-seq、降解组测序（degradome sequencing）和RNA-seq等多种高通量测序数据，提供了miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA、RNA-RNA和RNA-蛋白质相互作用的信息。

主要特点： - 提供了多种RNA-RNA和RNA-蛋白质相互作用的预测和验证数据。 - 支持用户自定义查询，可以根据miRNA、mRNA、lncRNA、circRNA等关键词进行搜索。 - 提供了ceRNA网络的构建和可视化工具。

应用场景： - 研究miRNA与mRNA、lncRNA、circRNA的相互作用。 - 构建和分析ceRNA网络。

2.2 miRSponge

miRSponge（http://www.bio-bigdata.net/miRSponge/）是一个专门用于研究miRNA海绵（miRNA sponge）的数据库。miRNA海绵是指能够通过竞争性结合miRNA来调控miRNA靶基因表达的RNA分子，如lncRNA和circRNA。

主要特点： - 提供了miRNA海绵的预测和实验验证数据。 - 支持用户根据miRNA、lncRNA、circRNA等关键词进行查询。 - 提供了miRNA海绵网络的构建和可视化工具。

应用场景： - 研究miRNA海绵的调控机制。 - 构建和分析miRNA海绵网络。

2.3 LncACTdb

LncACTdb（http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/）是一个专注于长链非编码RNA（lncRNA）与miRNA相互作用的数据库。它整合了来自TCGA、GEO等公共数据库的RNA-seq数据，提供了lncRNA-miRNA-mRNA相互作用的信息。

主要特点： - 提供了lncRNA-miRNA-mRNA相互作用的预测和实验验证数据。 - 支持用户根据lncRNA、miRNA、mRNA等关键词进行查询。 - 提供了lncRNA-miRNA-mRNA网络的构建和可视化工具。

应用场景： - 研究lncRNA与miRNA、mRNA的相互作用。 - 构建和分析lncRNA-miRNA-mRNA网络。

2.4 CircInteractome

CircInteractome（https://circinteractome.nia.nih.gov/）是一个专注于环状RNA（circRNA）与miRNA相互作用的数据库。它整合了来自CLIP-seq、RNA-seq等高通量测序数据，提供了circRNA-miRNA-mRNA相互作用的信息。

主要特点： - 提供了circRNA-miRNA-mRNA相互作用的预测和实验验证数据。 - 支持用户根据circRNA、miRNA、mRNA等关键词进行查询。 - 提供了circRNA-miRNA-mRNA网络的构建和可视化工具。

应用场景： - 研究circRNA与miRNA、mRNA的相互作用。 - 构建和分析circRNA-miRNA-mRNA网络。

2.5 ENCORI

ENCORI（http://starbase.sysu.edu.cn/encori/）是一个综合性的RNA相互作用数据库，由中山大学开发。它整合了来自CLIP-seq、降解组测序（degradome sequencing）和RNA-seq等多种高通量测序数据，提供了miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA、RNA-RNA和RNA-蛋白质相互作用的信息。

主要特点： - 提供了多种RNA-RNA和RNA-蛋白质相互作用的预测和验证数据。 - 支持用户自定义查询，可以根据miRNA、mRNA、lncRNA、circRNA等关键词进行搜索。 - 提供了ceRNA网络的构建和可视化工具。

应用场景： - 研究miRNA与mRNA、lncRNA、circRNA的相互作用。 - 构建和分析ceRNA网络。

3. ceRNA数据库的应用

ceRNA数据库在生物医学研究中具有广泛的应用，主要包括以下几个方面：

3.1 疾病机制研究

ceRNA网络在多种疾病的发生发展中起着重要作用。通过ceRNA数据库，研究人员可以筛选出与特定疾病相关的ceRNA相互作用，进而揭示疾病的分子机制。

3.2 生物标志物筛选

ceRNA网络中的关键分子可以作为疾病的潜在生物标志物。通过ceRNA数据库，研究人员可以筛选出与疾病相关的ceRNA分子，为疾病的早期诊断和治疗提供新的靶点。

3.3 药物靶点发现

ceRNA网络中的关键分子也可以作为药物开发的潜在靶点。通过ceRNA数据库，研究人员可以筛选出与疾病相关的ceRNA分子，为药物开发提供新的思路。

4. 总结

ceRNA数据库为研究ceRNA的调控机制提供了重要的资源和工具。通过ceRNA数据库，研究人员可以系统地研究ceRNA网络在疾病发生发展中的作用，筛选出与疾病相关的ceRNA分子，为疾病的诊断和治疗提供新的思路。随着高通量测序技术的不断发展，ceRNA数据库将会更加完善，为生物医学研究提供更多的支持。