unibind数据库有什么用

这篇文章主要介绍unibind数据库有什么用，文中介绍的非常详细，具有一定的参考价值，感兴趣的小伙伴们一定要看完！

unibind采用了ChIP-eat这个工具对ReMap数据库中转录因子的chip_seq数据进行分析，对于来自JASPAR数据库中的人类转录因子，通过结合chip_seq数据的分析结果和转录因子的PWM等模型来准确预测转录因子结合位点，该数据库网址如下

https://unibind.uio.no/

数据分析的流程如下图所示

该数据库对来自315个不同组织和细胞系，231种转录因子，共1983个chip_seq原始数据进行分析，与hg38基因组进行比对，通过peak calling识别到peak区域，再进一步结合PWM, DNA shape model, TFFM, Bingding Energy model4种模型在peak区间的基础上进一步预测转录因子结合位点。

通过首页的检索框，可以根据各种关键词进行检索

检索结果如下所示

点击每个数据集可以查看详细结果，示意如下

在该页面，可以下载peak区间，也可以下载TFBS的bed文件和fasta文件。TFBS的bed格式内容如下

JASPAR数据库只提供了转录因子的motif信息，unibind则在此基础上提供了TFBS的信息，可以看作是对JASPAR数据库的一个补充，对于转录因子研究而言，TFBS信息非常的重要，对于研究转录因子调控的靶基因意义重大，所以该数据库非常的实用。

以上是“unibind数据库有什么用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！希望分享的内容对大家有帮助，更多相关知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道！