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癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）是一个广泛使用的公共数据库，包含了多种癌症类型的基因组、转录组、表观基因组和临床数据。cBioPortal是一个开源平台，专门用于探索和分析癌症基因组数据。通过cBioPortal，研究人员可以轻松访问和可视化TCGA数据，从而加速癌症研究。本文将详细介绍如何使用cBioPortal查看和分析TCGA肿瘤数据。
首先，打开浏览器并访问cBioPortal的官方网站：https://www.cbioportal.org/。cBioPortal提供了两个主要版本：公共版本和本地版本。公共版本可以直接使用，而本地版本则需要下载和安装。
在cBioPortal的主页上，点击“Select Studies”按钮，进入数据集选择页面。这里列出了所有可用的数据集，包括TCGA数据集。你可以通过以下方式筛选数据集：
选择好数据集后，点击“Submit”按钮进入数据概览页面。
在数据概览页面，你可以看到所选数据集的基本信息，包括样本数量、基因突变频率、拷贝数变异等。页面顶部有几个选项卡，分别是：
OncoPrint是cBioPortal中最常用的功能之一，它可以直观地展示基因变异情况。在OncoPrint页面，你可以看到每个样本的基因突变、拷贝数变异和表达变化。你可以通过以下方式自定义OncoPrint：
在Mutations页面，你可以查看每个基因的突变详细信息。页面顶部有一个基因选择框，输入你感兴趣的基因名称，页面会显示该基因的突变频率、突变类型和突变位置。你还可以点击每个突变条目，查看更详细的注释信息，如突变的功能影响、已知的临床意义等。
在CN Segments页面，你可以查看拷贝数变异的数据。页面顶部有一个样本选择框，输入你感兴趣的样本ID，页面会显示该样本的拷贝数变异情况。你可以通过调整页面下方的参数，如阈值、染色体范围等，来定制化显示内容。
Plots页面提供了多种数据可视化选项，包括散点图、箱线图、生存曲线等。你可以通过以下步骤创建图表：
cBioPortal还提供了生存分析功能，可以帮助你评估基因变异对患者生存率的影响。在Survival页面，你可以选择基因、突变类型、样本分组等参数，生成生存曲线。你可以通过以下步骤进行生存分析：
cBioPortal允许用户下载所选数据集的所有数据。在数据概览页面，点击“Download”按钮，可以选择下载基因突变数据、拷贝数变异数据、表达数据等。下载的数据可以用于进一步的分析和研究。
对于需要更高级分析的研究人员，cBioPortal提供了RESTful API，可以通过编程方式访问和查询数据。API文档可以在cBioPortal的官方网站上找到。通过API，你可以实现自动化数据查询、批量下载、自定义分析等功能。
cBioPortal是一个功能强大且易于使用的工具，可以帮助研究人员快速访问和分析TCGA肿瘤数据。通过本文的介绍，你应该已经掌握了如何使用cBioPortal查看基因突变、拷贝数变异、表达数据，并进行生存分析和数据可视化。希望这些信息能够帮助你在癌症研究中取得更多进展。
通过以上步骤，你可以充分利用cBioPortal的强大功能，深入挖掘TCGA肿瘤数据的潜力，为癌症研究提供有力支持。
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