如何使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据

发布时间:2021-07-24 10:17:58 作者:chen
来源:亿速云 阅读:497

本篇内容介绍了“如何使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据”的有关知识,在实际案例的操作过程中,不少人都会遇到这样的困境,接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧!希望大家仔细阅读,能够学有所成!

TCGAbiolinks是一个分析处理TCGA数据的R包,通过GDC API来查询和下载TCGA的数据,同时提供了差异分析,生存分析,富集分析等常见的分析功能,网址如下

http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TCGAbiolinks.html

这个R包的基本用法如下

1. Query

和在线查询类似,只不过是将网页上的各种可选的属性变成了对应的参数,基本用法如下所示

如何使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据

project为核心进行查询, 其他参数用来对数据进行过滤,常用的有以下几个参数

  1. datga.category

  2. data.type

  3. workflow.type

  4. experimental.strategy

  5. platform

  6. access


以上参数和和网页上的的各项选择菜单相对应,示意如下

如何使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据

除此之外,还有几个重要参数,legacy参数的默认值为FALSE,表示从harmonized database进行查询,TRUE表示从 GDC legacy archive进行查询;barcode参数用于选择其中部分样本的数据。

查询结果的基本单位为Files, 可以通过以下代码进行查看

datatable(getResults(query))

结果是一个html的表格,通过网页进行查看,每行代表一个表格,示意如下

如何使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据

2. Download

除了查看检索结果外,还可以下载检索结果,用法如下

如何使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据

这里分成了两个步骤,第一步从GDC下载原始数据,可以使用API或者gdc-clinet进行下载, API的速度相对快一点;第二步对原始数据的结果进行整理,从GDC下载的原始数据是每个文件单独分开的,需要先对结果进行整理,才可以用于后续分析。以表达谱数据为例,需要进行样本的合并,样本ID的转换等,所有这些都可以通过GDCprepare完成。

整理好的结果存放在data对象中,  样本的信息可以通过如下方式进行查看

如何使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据

结果示意如下

如何使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据

表达量矩阵的信息查看方式如下

如何使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据

结果示意如下

如何使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据

数据下载并整理好之后,就可以进行分析了。不同类型的数据对应的分析方法也不同,具体的分析方法请参考官方文档。

“如何使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据”的内容就介绍到这里了,感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注亿速云网站,小编将为大家输出更多高质量的实用文章!

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