怎么使用EPIC预测肿瘤微环境中免疫细胞构成

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在传统的RNA_seq测序中，每个样本取样后实际包含了成千上万个细胞，和单细胞测序的single cell相比，这样的样本称之为bulk samples。在bulk samples的这么多细胞中，可能包含来自多个细胞亚群。

在肿瘤组织中，由于肿瘤微环境中各种细胞的浸润，其RNA_seq的样本中必然存在了肿瘤细胞，浸润的免疫细胞等多种细胞亚群。为了准确的评估肿瘤微环境中免疫细胞的构成，科学家做了很多努力，EPIC就是一款利用肿瘤样本RNA_seq表达谱数据评估样本免疫细胞构成的软件，对应的文章链接如下

https://elifesciences.org/articles/26476

该软件封装成了R包，网址如下

https://github.com/GfellerLab/EPIC

同时提供了在线服务，网址如下

https://gfellerlab.shinyapps.io/EPIC_1-1/

只需要上传肿瘤样本的表达谱数据即可，示意如下

上传文件的内容示意如下

每行代表一个基因，每一列代表一个样本，结果分成以下两个部分

1.  表格数据

给出了每个样本中各个细胞亚群的比例，示意如下

2.  可视化结果

用柱状图的形式展示各个样本细胞组分，结果示意如下

用热图的形式展示各个样本细胞组分，结果示意如下

用箱体图的形式，展示每种细胞亚群的分布，结果示意如下

通过EPIC可以预测和比较肿瘤样本的免疫细胞浸润情况，操作简便。

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