生物信息学应用软件开发包Scikit-bio怎么用

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Scikit-bio（官方发音：sigh-kit-buy-oh） 是一个专门用于处理基因组数据的Python 开源程序包。这名字的来源估计是受Python的机器学习包：Scikit-learn的影响。从功能和风格上看应该算是SeqIO的Python版，对于热爱Python，同时越来越受不了C++各种虐待的生信程序猿（比如说我）来说，Scikit-bio会是一个相当不错的选择！

这个包由biocore成员主导开发，所有代码都公开托管在github上，所有人都可以使用并参与开发。它提供了一整套与序列处理相关的API—把很多底层的操作都包装了起来，包括为各个不同的基因组数据（如DNA，RNA，蛋白质等）定义了一套完整的数据结构、相关序列比对算法、系统发生树构建算法、数据可视化接口函数、统计学方法、辅助复杂流程搭建的方法，甚至还提供了一些生物信息学相关的教程资源等，这可以为很多下游应用型的生物信息软件的开发带来很多的便利。

这个项目开始于2014年，现在虽然还处在alpha版本阶段（当前发布的最新版本是0.2.3），但是最近开发的活跃度越来越高。它的文档库也越来越丰富了，还是值得期待的。不过目前我也还没有正式地和SeqIO对比过，所以对其在实际应用中的性能来说也还没有太多的把握。

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