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WGCNA的TOM矩阵热图配色问题该怎么解决,很多新手对此不是很清楚,为了帮助大家解决这个难题,下面小编将为大家详细讲解,有这方面需求的人可以来学习下,希望你能有所收获。
“老米”投稿:手把手10分文章WGCNA复现:小胶质细胞亚群在脑发育时髓鞘形成的作用 , 里面是有TOM矩阵热图,就是配色很奇怪。所以经常有人询问这个问题:
但是官网配色是:
首先,这个差异其实并不重要,当然了这个TOM矩阵热图本身就可有可无,仅仅是因为教程里提到了而已,大部分情况下,就是凑图。
再说,这个配色问题,跟WGCNA没有关系,是R语言技巧罢了。或者说是搜索技巧:
https://www.biostars.org/p/394615/#394743
简单的配色代码即可解决:
TOMplot(plotTOM, geneTree, moduleColors,
main = "Network heatmap plot, all genes",
col=gplots::colorpanel(250,'red',"orange",'lemonchiffon'))
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