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这期内容当中小编将会给大家带来有关怎么探索lncRNA表达量的组织特异性,文章内容丰富且以专业的角度为大家分析和叙述,阅读完这篇文章希望大家可以有所收获。
公共数据库GTEx,The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project,首次被提出来是2013年,上百位科学家联名在Nature Genetics杂志发表的文章首次介绍了“基因型-组织表达工程”,并成立了“基因型-组织表达研究联盟”(Genotype-Tissue Expression Consortium,GTEx)以下简称“GTEx”)。
因为GTEx数据库直接提供RNA-seq的counts矩阵文件下载,从表达矩阵里面可以根据基因名字区分出来:
流程图如下:
列举这30个组织的特异性的表达,包括 miRNAs and lncRNAs以及protein coding RNA
留给大家搜索了,理论上很多物种也是有各个器官的表达量信息,包括芯片的以及测序的,包括mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白。
而且,现在不是单细胞水平的研究很流行嘛,理论上这个组织特异性可以进一步细化到细胞类型的特异性。
既然GTEx数据库的30余种组织,可以有特异性的mRNA,lncRNA,miRNA,那么TCGA数据库的不同癌症,理论上也有癌症类型的特异性的mRNA,lncRNA,miRNA。
上述就是小编为大家分享的怎么探索lncRNA表达量的组织特异性了,如果刚好有类似的疑惑,不妨参照上述分析进行理解。如果想知道更多相关知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道。
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