如何实现cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

发布时间:2022-01-20 13:58:49 作者:柒染
来源:亿速云 阅读:2295

这篇文章将为大家详细讲解有关如何实现cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用,文章内容质量较高,因此小编分享给大家做个参考,希望大家阅读完这篇文章后对相关知识有一定的了解。

cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

一、cytoHubba插件

1.利用cytoHubba插件通过拓扑网络算法给每个基因赋值,排序挖掘关键基因(hub gene)和子网络

2.插件下载与安装

在cytoscape App Store(链接:Cytoscape App Store)中搜索cytoHubba插件,进行download

点击Apps-App Manager,点击install from file

找到cytoHubba的存放路径,打开之后就安装好了

3.cytoHubba插件使用

打开cytoscape导入网络之后,在Apps点击cytoHubba

1、首先选择左边的cytoHubba进入工作页面

2、选target network择待分析的网络

3、点击calculate

4、点击Top,可根据自身课题需要,调整提取关键基因的数量

5、下方Closeness可下拉选择计算方法

6、Particular nodes:选择感兴趣的基因进行分析(一般是对整个网络分析的话,此项可以忽略)

5、点击左下方:显示最短的路径;显示出hub gene连接到的第一个节点;显示出最长的子网络)

6、右边的列表就显示关键基因的排名:颜色越深,证明分数越高,越显著

关于如何实现cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,可以学到更多知识。如果觉得文章不错,可以把它分享出去让更多的人看到。

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