如何利用SNP构建指纹图谱

这篇文章给大家介绍如何利用SNP构建指纹图谱，内容非常详细，感兴趣的小伙伴们可以参考借鉴，希望对大家能有所帮助。

利用SNP构建指纹图谱！

高通量测序会得到很多SNP，如何利用这些SNP是一项非常重要的工作；尤其在搜集筛选一些种质资源的时候，我们往往希望用最少的SNP区分尽量多的样品，也就是指纹图谱DNA fingerprinting，这在实际科研生产中是非常有用的、实用的，今天我给大家分享一款软件—SNPT，它可以帮助您从万千SNP变异中筛选出您最想得到的SNP组合，用于指纹图谱的构建。

软件介绍

SNPT下载地址：http://www.shigatox.net/stec/cgi-bin/snpt这个软件可以做的分析：

1. Indentify unique SNPs profiles and assign sequence types(MST);

2. Calculate allele frequencies;

3. Find informative SNPs;

4. Calculate D (Index of the Discrininatory Ability);

5. Find the set(s) of minimum SNPs;

6. Output MST data file in mega and interleaved mega format.

输入的文件格式如下：列之间用tab分隔，第一行为SNP在基因组上的位置信息；从第二行开始，第一列为样品名称，后面为对应SNP。

Strain 325 968 2351 4768 4980 6971 9323 1319
ARK0000038 G C C G G A G T
ARK0000056 G C C G G A G T
ARK0000062 G C C G G A G T
ARK0000066 G C C G G A G T
ARK0000069 G C T G G A G T
...

软件使用

下载软件，软件无需安装，解压即可使用。

加载输入文件。

计算最小SNP集合。

计算完成后右侧文本框会有显示，输出文件也会在这显示。

输出文件：

每一行为一个样本，每一列为一个标记，不同颜色代表不同分型。

关于如何利用SNP构建指纹图谱就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，可以学到更多知识。如果觉得文章不错，可以把它分享出去让更多的人看到。