如何使用R包ggplot2绘制哑铃图展示基因的CNV突变频率

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R包ggplot2绘制哑铃图展示基因的CNV突变频率

使用方法:

$Rscript scripts/cnv_dumbbell_plot.r -h
usage: scripts/cnv_dumbbell_plot.r [-h] -c CNV_DATA -g GENE_SYMBOL [-H HEIGHT]
                                   [-W WIDTH] [-o OUTDIR] [-p PREFIX]

CNV_Dumbbell_plot:https://www.亿速云.com/article/1572

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -c CNV_DATA, --cnv_data CNV_DATA
                        input cnv data file path[required]
  -g GENE_SYMBOL, --gene_symbol GENE_SYMBOL
                        Enter the file path that contains the gene
                        symbol[required]
  -H HEIGHT, --height HEIGHT
                        the height of dumbbell plot[optional,default 6]
  -W WIDTH, --width WIDTH
                        the width of dumbbell plot[optional,default 8]
  -o OUTDIR, --outdir OUTDIR
                        output file directory[optional,default cwd]
  -p PREFIX, --prefix PREFIX
                        out file name prefix[optional,default m6a_cnv]

参数说明：

-c 输入拷贝数变异数据经过GISTIC软件分析过后的结果文件：

-g 输入用于绘制哑铃图的基因文件：

-H和-W 指定生成图片的高和宽，默认高为6，宽为8

使用举例：

Rscript ../scripts/cnv_dumbbell_plot.r -g ../m6a.tsv \
    -c ../01.TCGA_data/TP_CNV_Gistic2_Level_4/all_data_by_genes.txt

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