R语言的lasso_cox.r lasso_cox怎么用

发布时间:2022-03-21 10:50:51 作者:iii
来源:亿速云 阅读:343

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lasso_cox.r  lasso_cox 模型优化分析

使用说明:

Rscript $scriptdir/lasso_cox.r -h 
usage: /work/my_stad_immu/scripts/lasso_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v
                                              variate [variate ...] [-s seed]
                                              [-l lambda] [-P predict.time]
                                              [-o outdir] [-p prefix]

lasso cox regression analysis

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i data, --data data  input data file path[required]
  -t time, --time time  set suvival time column name [required]
  -e event, --event event
                        set event column name [required]
  -v variate [variate ...], --variate variate [variate ...]
                        variate for cox analysis [required]
  -s seed, --seed seed  set random seed [default 2021]
  -l lambda, --lambda lambda
                        set lambda cut off [default NULL]
  -P predict.time, --predict.time predict.time
                        Time point of the ROC curve to select cutoff [default
                        365 1095 1825]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        out file name prefix [default lasso_cox]

使用举例:

Rscript $scriptdir/lasso_cox.r -i imm.unicox.metadata-exp.tsv -e EVENT -t TIME \
  -v SYT12 CDH2 GPNMB TMIGD3 LINC01094 SLC22A20P IGHV4-61 IGHV2-5 SERPINA5 MS4A4A FAM83A IGLV3-9 STARD3    -o lasso

参数说明:

-i 输入生存数据与基因表达文件 

barcodeTIMEEVENTFGRCD38ITGALCX3CL1CEACAM21MATKCD79BMMP25
TCGA-B7-A5TK-01A-12R-A36D-31288016.3440886.8677240.26903603.01321.8685362.283423.45319813.72829
TCGA-BR-7959-01A-11R-2343-131010011.9673915.794517.35856626.913532.5719170.8641161.8799573.451148
TCGA-IN-8462-01A-11R-2343-1357205.3508463.1113423.76912520.222380.6108390.5197762.8221921.106563
TCGA-CG-4443-01A-01R-1157-1391201.538020.8629552.3735119.040971.0921270.7603481.9265920.878735
TCGA-KB-A93J-01A-11R-A39E-311124015.2401613.304738.0859114.152953.4835593.1929513.65174210.43186
TCGA-HU-A4H3-01A-21R-A251-3188206.2617612.6751737.0258864.0502710.5841591.0393361.9792142.312993
TCGA-RD-A8MV-01A-11R-A36D-313720027.0741520.1588534.9130934.718214.1131122.61555716.5194617.72674











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