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今天小编给大家分享一下R语言的immune_compare_stat.r如何使用的相关知识点,内容详细,逻辑清晰,相信大部分人都还太了解这方面的知识,所以分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后有所收获,下面我们一起来了解一下吧。
immune_compare_stat.r 免疫细胞表达差异比较
使用说明:
$ Rscript $scriptdir/immune_compare_stat.r -h usage: /work/STAD_immu_demo1/scripts/immune_compare_stat.r [-h] -i filepath -v celltype [celltype ...] -m filepath -g group [-b groupby] [-o path] [-n prefix] t.test annova and wilcox.test: https://www.亿速云.com/article/1496 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i filepath, --input filepath input alpha diversity celltype file[required] -v celltype [celltype ...], --celltype celltype [celltype ...] which celltype to compare : "B cell" ...[required] -m filepath, --metadata filepath input metadata file path[required] -g group, --group group group name from metadata to test[required] -b groupby, --groupby groupby main group name from metadata to test [default NULL] -o path, --outdir path output file directory [default cwd] -n prefix, --name prefix out file name prefix [default demo]
使用示例:
Rscript $scriptdir/immune_compare_stat.r -i immu/ssgsea.res.tsv \ -m metadata.group.tsv -g subtype.hclust \ --celltype "B cells" "T cells" -o immu -n ssgse
以上就是“R语言的immune_compare_stat.r如何使用”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家阅读完这篇文章都有很大的收获,小编每天都会为大家更新不同的知识,如果还想学习更多的知识,请关注亿速云行业资讯频道。
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