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本篇内容主要讲解“R语言的heatmap_group_plot.r如何使用”,感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷,实用性强。下面就让小编来带大家学习“R语言的heatmap_group_plot.r如何使用”吧!
heatmap_group_plot.r 分组热图展示免疫侵润结果
使用参数说明:
$ Rscript heatmap_group_plot.r -h usage: heatmap_group_plot.r [-h] -i filepath -m filepath -g group [group ...] [-l filepath] [-t topnumber] [--scale SCALE] [--log2] [--cluster_rows] [--cluster_cols] [--show_rownames] [--show_colnames] [-c color [color ...]] [-o outdir] [-p prefix] [-H height] [-W width] plot heatmap optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i filepath, --input filepath input the immune res data,[required] -m filepath, --metadata filepath input metadata file path[required] -g group [group ...], --group group [group ...] input group id in metadata file, can set multi groups[required] -l filepath, --genelist filepath gene list file to keep [default NULL] -t topnumber, --top topnumber The top var to plot [default NULL] --scale SCALE character indicating if the values should be centered and scaled in either the row direction or the column direction, or none. Corresponding values are "row", "column" and "none" [default="row"] --log2 whether do log2 transfrom [optional, default: False] --cluster_rows whether cluster_rows [optional, default: False] --cluster_cols whether cluster_cols [optional, default: False] --show_rownames whether show_rownames [optional, default: False] --show_colnames whether show_colnames [optional, default: False] -c color [color ...], --color color [color ...] color map of heatmap, give three color [default=c('blue', 'white', 'red') -o outdir, --outdir outdir output file directory [default cwd] -p prefix, --prefix prefix out file name prefix [default demo] -H height, --height height the height of pic inches [default 9] -W width, --width width the width of pic inches [default 10]
注意事项:
样本分组 metadata文件中,不要有NA值;不然会报错:
Error in names(ann_colors[[opt$group[i]]]) <- unique(mygroup) : 'names' attribute [12] must be the same length as the vector [11]
到此,相信大家对“R语言的heatmap_group_plot.r如何使用”有了更深的了解,不妨来实际操作一番吧!这里是亿速云网站,更多相关内容可以进入相关频道进行查询,关注我们,继续学习!
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