R语言如何在行上取数据子集

本篇内容介绍了“R语言如何在行上取数据子集”的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！

subset_row.r  提供列表，在行上取数据子集

使用方法：

usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_GEO_immu/scripts/subset_row.r
       [-h] -i input -m idlist -c colname [-o outdir] [-p prefix]
get subset by ID
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i input, --input input
                        input data matrix data [required]
  -m idlist, --idlist idlist
                        input idlist [required]
  -c colname, --colname colname
                        match column name in idlist and input [required]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        output file name prefix [default demo]

参数说明：

-i 输入要取子集的数据，

-m 指定ID列表，-c 指定 ID列表中的列名：

使用举例：

Rscript $scriptdir/subset_row.r -m ../04.deg/S1_vs_S2.edger.DEG.final.tsv -c ID \
  -i ../02.sample_select/TCGA-STAD_gene_expression_TPM.tsv -p deg_gene_exp_tpm

“R语言如何在行上取数据子集”的内容就介绍到这里了，感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注亿速云网站，小编将为大家输出更多高质量的实用文章！