R语言中ggtree怎么从进化树中挑选子集

已经有了100个物种进化树文件，我想从这个树文件里挑选出10个我感兴趣的物种的进化关系。

treeio这个R语言包里有一个函数drop.tip()可以实现，但是他不是直接挑选出来感兴趣的，而是去掉不感兴趣的。

树文件使用treeio包里带的示例文件sample.nwk

nwk<-system.file("extdata","sample.nwk",package="treeio")
library(ggtree)
tree<-read.tree(nwk)
ggtree(tree)+
  geom_text2(aes(subset=!isTip,label=node))+
  geom_tiplab()

 

如果我只想看看A/B/C/D/E这些物种之间的关系，就可以去掉非ABCDE这些tips。使用到的是drop.tip()函数。

两个参数：第一个读进来的数；第二个参数是想要去掉的tips。

reserve_tip<-c("A","B","C","D","E")
to_drop<-tree$tip.label[-match(reserve_tip,tree$tip.label)]
to_drop
tree_reduced<-treeio::drop.tip(tree,to_drop)
ggtree(tree_reduced)+
  geom_tiplab()

 

treeio::write.nexus(tree_reduced,file="../../tree_reduced.nex")