怎么用GCTA分析PCA

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GCTA 分析PCA

#方法2：
#GCTA 分析PCA 
## vcf转bed格式
plink --vcf  clean.sorted.vcf.gz --make-bed   \
    --out all.LDfilter --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# \
    --keep-allele-order --vcf-half-call missing
## 生成grm文件
gcta64 --bfile all.LDfilter  -autosome  --make-grm  --out GA
## 进行PCA分析  主要做人的 要求为数字染色体:
#帮助文档https://cnsgenomics.com/software/gcta/#Datamanagement
gcta64 --grm GA --pca 20  --out PCA_out  --threads 10 \
    --maf 0.05

GCTA主要是分析人的数据，如果分析其他动植物需要对染色体体进行重新编号，不然会报错：

--bfile all.LDfilter -autosome
--make-grm
--out GA
Note: GRM is computed using the SNPs on the autosome.
Reading PLINK FAM file from [all.LDfilter.fam]...
176 individuals to be included from FAM file.
176 individuals to be included. 0 males, 0 females, 176 unknown.
Reading PLINK BIM file from [all.LDfilter.bim]...
Error: Line 36188 of [all.LDfilter.bim] contains illegal chr number, please check
An error occurs, please check the options or data

读到这里，这篇“怎么用GCTA分析PCA”文章已经介绍完毕，想要掌握这篇文章的知识点还需要大家自己动手实践使用过才能领会，如果想了解更多相关内容的文章，欢迎关注亿速云行业资讯频道。