如何合并不同sample的vcf文件

发布时间:2022-03-19 15:24:15 作者:iii
来源:亿速云 阅读:677

本篇内容介绍了“如何合并不同sample的vcf文件”的有关知识,在实际案例的操作过程中,不少人都会遇到这样的困境,接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧!希望大家仔细阅读,能够学有所成!

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便。

分三步:

  1. 将vcf进行压缩,批量压缩的方法:

bgzip -c -f -@ 10 merge.vcf > merge.vcf.gz-c, --stdout            write on standard output, keep original files unchanged-f, --force             overwrite files without asking-@, --threads INT       number of compression threads to use [1]

2. 对生成的vcf.gz进行index:

bcftools index [options] <in.bcf>|<in.vcf.gz>

-t, --tbi            generate TBI-format index for VCF files

3.合并操作:

bcftools merge [options] <A.vcf.gz> <B.vcf.gz> [...]-m, --merge <string>               allow multiallelic records for <snps|indels|both|all|none|id>, see man page for details [both]-o, --output <file>                write output to a file [standard output]-O, --output-type <b|u|z|v>        'b' compressed BCF; 'u' uncompressed BCF; 'z' compressed VCF; 'v' uncompressed VCF [v]-l, --file-list <file>             read file names from the file

“如何合并不同sample的vcf文件”的内容就介绍到这里了,感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注亿速云网站,小编将为大家输出更多高质量的实用文章!

推荐阅读:
  1. hbase java sample
  2. python如何读取vcf文件的类

免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。

sample vcf

上一篇:css层次选择器有哪些

下一篇:css集合选择器有哪些

相关阅读

您好,登录后才能下订单哦!

密码登录
登录注册
其他方式登录
点击 登录注册 即表示同意《亿速云用户服务条款》