vcftools如何去除或保留vcf文件中的样品

小编给大家分享一下vcftools如何去除或保留vcf文件中的样品，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

vcftools去除或保留vcf文件中的样品

vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品，用到的选项为 --indv 和 --remove-indv  ，指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。

具体用法如下：

只保留1和10号两个样品，执行以下代码：

vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout  --indv  1 --indv  10  > out.vcf

删除1号样品，执行以下代码：

vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout  --remove-indv  1  > out.vcf

如果样品较多，也可将样品保存到文件 id.txt 中，每行为一个样品ID，格式如下：

1
105

然后使用下面两个选项对vcf文件保留或者删除样品。

--keep <filename>   保留样品
--remove <filename>   删除样品

代码如下：

vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout  --keep id.txt   > out.vcf

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