samtools过滤多重比对reads的方法

这篇“samtools过滤多重比对reads的方法”文章的知识点大部分人都不太理解，所以小编给大家总结了以下内容，内容详细，步骤清晰，具有一定的借鉴价值，希望大家阅读完这篇文章能有所收获，下面我们一起来看看这篇“samtools过滤多重比对reads的方法”文章吧。

samtools过滤多重比对reads的命令如下：

samtools view -h -q 1 -F 4 -F 256 big.sort.dedup.bam |grep -v XA:Z |grep -v SA:Z |samtools view -b - > big.sort.dedup.unique.bam

其中参数：

-q 1：过滤掉比对质量小于1的reads；

-F 4：过滤掉没有比对上的reads；

-F 256：过滤掉比对上的多次的reads。

以上就是关于“samtools过滤多重比对reads的方法”这篇文章的内容，相信大家都有了一定的了解，希望小编分享的内容对大家有帮助，若想了解更多相关的知识内容，请关注亿速云行业资讯频道。