perl如何批量计算蛋白质分子量

发布时间:2022-03-18 17:21:57 作者:iii
来源:亿速云 阅读:330

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perl脚本如下:

die "perl $0 <in>  <out>" unless(@ARGV==2);
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
use Bio::Tools::SeqStats;
use Bio::Tools::pICalculator;
use Data::Dumper;
#读入序列
my $in = Bio::SeqIO->new(
-file   => "$ARGV[0]",
-format => 'Fasta'
);
open OUT,">$ARGV[1]" or die "$!";
print OUT "#ID\tlength\tMV(Da)\tpI\n";
my $calc = Bio::Tools::pICalculator->new(-places => 2,-pKset => 'EMBOSS');

#逐条读取序列
while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $seq->id, $seq->seq, $seq->desc );
my $weight = Bio::Tools::SeqStats ->get_mol_wt($seq);
$calc->seq($seq);
    my $iep = $calc->iep;
    print OUT sprintf("%s\t%s\t%s\t%s\n",
                  $seq->id,
                  $seq->length,
                  "$weight->[0]",
                  $iep);
}
$in->close();
close(OUT);

读到这里,这篇“perl如何批量计算蛋白质分子量”文章已经介绍完毕,想要掌握这篇文章的知识点还需要大家自己动手实践使用过才能领会,如果想了解更多相关内容的文章,欢迎关注亿速云行业资讯频道。

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