如何采用biopython计算蛋白质的等电点

小编给大家分享一下如何采用biopython计算蛋白质的等电点，希望大家阅读完这篇文章之后都有所收获，下面让我们一起去探讨吧！

采用biopython 计算蛋白质的等电点

最近在做一些蛋白质组的项目，项目中需要计算蛋白质的等电点。网络上有很多网站能提供相应计算服务，但是都是针对单条蛋白质序列进行计算，而我需要计算蛋白质组中所有蛋白序列的等电点。采用Bioython中的几个函数进行计算，代码如下：

from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis
from Bio import SeqIO
# 指定蛋白序列的fasta文件
protein_file = "protein.fasta"
# 遍历每一条蛋白序列，计算等电点
for seq_record in SeqIO.parse(protein_file, "fasta"):
    p = ProteinAnalysis(str(seq_record.seq))
    # 等电点的计算函数是：isoelectric_point
    print(seq_record.id + '\t' + str(p.isoelectric_point()))

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