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不规范的表达谱芯片注释信息提取
1、GEO数据库中 agilent表达谱芯片由与其设计往往比较个性化,涉及的芯片型号很多,使用的Cy5/Cy3的双色芯片 或者仅使用Cy3的单色芯片,数据上比较混乱,而GEO中提供的GPL信息文件格式和affymetrix 、illumina 的表达谱芯片对应的GPL格式差别较大,虽然格式整齐,并不完全规范(相对于直接利用GEOquery下载芯片注释文件而言)。
2、若直接下载标准化数据的同时,利用GEOquery下载对应的GPL芯片平台信息往往出现报错,或者提取信息过程中出现提取错误,这里针对 格式相对整齐统一的这种agilent表达谱芯片GPL信息 提供一种获取的方法,在进行芯片原始数据标准化的过程中直接获得其中的注释信息:探针和基因等对应关系。
3、此处仅以单通道芯片数据为例: 案例数据GSE83902 基于limma包读取数据,并进行预处理,标准化之后,获取的结果时一个EList对象,这个对象中包含了探针和基因之间的对应关系,先对芯片中重复的探针检测值取均值之后,获取的还是一个EList(此处用averEList向量表示取均值后的返回结果):
查看averEList 中对应的genes信息,这个矩阵中包括了每一列信息如下 涉及探针ProbeName 和GeneName以及描述信息,之后提取保存即可:
> colnames(averEList$genes) [1] "Row" "Col" "Start" "Sequence" "ProbeUID" [6] "ControlType" "ProbeName" "GeneName" "SystematicName" "Description" > Probe=averEList$genes[,c("ProbeName","GeneName","SystematicName","Description")] > head(Probe,5) ProbeName GeneName SystematicName 1 GE_BrightCorner GE_BrightCorner GE_BrightCorner 2 DarkCorner DarkCorner DarkCorner 4 A_23_P117082 HEBP1 NM_015987 5 A_33_P3246448 KCNE4 NM_080671 6 A_33_P3318220 BPIFA3 NM_178466 Description 1 2 4 ref|Homo sapiens heme binding protein 1 (HEBP1), mRNA [NM_015987] 5 ref|Homo sapiens potassium voltage-gated channel, Isk-related family, member 4 (KCNE4), mRNA [NM_080671] 6 ref|Homo sapiens BPI fold containing family A, member 3 (BPIFA3), transcript variant 1, mRNA [NM_178466]
注意: 不同芯片获取的EList结果中可以EList$genes 获取的矩阵涉及的列名不一致,具体情况具体对待
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